Évaluation de l'efficacité des protocoles d'isolement de l'ADN génomique des communautés microbiennes du périphyton utilisées pour la surveillance de la qualité de l'eau
Microbiologie environnementale
Traitement des eaux
Échantillonnage & analyses
Data processing
Ce poster a été présenté dans le cadre de la conférence : "Biodiversity Monitoring in Luxembourg" le 18/10/2024 au LIST (Luxembourg Institute of Science and Technology)
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Evaluating the efficacy of protocols for genomic DNA isolation from periphyton microbial communities used for water quality monitoring
Contexte : Le projet AquaBioSens s’intéresse aux eaux naturelles comme les eaux de rivières, de baignades, les piscines naturelles et les étangs, et vise à développer un bioindicateur 3.0 de la qualité aquatique basé sur l’analyse génomique du périphyton ; complémentant l’Indice Biologique Global, l’indice Benthique Diatomique, Macrophyte, Biotique intégré Piscicole etc. En effet, ces analyses sont basées sur une caractérisation microscopique, une analyse relativement longue, sont réalisées à de faibles fréquences, nécessitent – selon le cas – une capture physique qui peut blesser des individus et entraînent souvent une faible détection. Les inventaires, des diatomées par exemple, exigent des taxonomistes avertis, métier en pénurie en Europe.
Projet : travailler sur le biofilm aquatique (périphyton) afin de l’utiliser comme bioindicateur. Celui-ci se trouve à la base des chaînes trophiques et constitue un indicateur biologique intéressant. En effet, tout impact sur sa composition ou sur son fonctionnement peut altérer les niveaux trophiques supérieurs et la biodiversité. La détection précoce d'une perturbation sur le périphyton peut alors permettre d’anticiper (et de mitiger) les effets potentiels à plus long terme à des niveaux trophiques supérieurs.
Ce bioindicateur 3.0 sera également à l’attention des pouvoirs publics, des entreprises, des bureaux d’études, des ONG, des associations environnementales et des particuliers pour :
- élaborer et décider les politiques et les investissements en matière d’aménagement du territoire et d’infrastructure environnementales ;
- surveiller un milieu naturel (masses d’eau) ;
- détecter des pollutions chroniques ou accidentelles ;
- établir une mesure rassurante sur la qualité des eaux récréatives.
Objectifs :
- définir la méthodologie de mesure d’un bioindicateur rapide, simple, et sensible (macro- et micropolluants) ;
- définir les contraintes pour un kit diagnostique
Plusieurs axes d’étude ont été prédéfinis avec des technologies qui peuvent être appliquées :
